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我目前正在编写一个将文件作为输入的脚本。输入文件如下所示:

ECHANTILLON GENOTYPE    
CAN1        genotype1   
CAN2        genotype1   
CAN3        genotype1   
EUG1        genotype2   
EUG2        genotype2   
EUG3        genotype2   
EUG4        genotype2

我想要做的是创建一个哈希:

  • 作为 GENOTYPE 列的第一个键和
  • 第二个名为“sample”的键将指向“ECHANTILLON”列。因此,它的值将给出例如 CAN1、CAN2...

这是我的脚本的样子:

#!/usr/local/perl-5.24.0/bin/perl
use warnings;
use strict;

use Data::Dumper;
use feature qw{ say };
use Getopt::Long; 



my $list_geno;

GetOptions("g|input=s"=>\$list_geno);
my %hash_geno_group;

open(GENOTYPED,"<$list_geno") or die ("Cannot open $list_geno\n");
while (defined(my $l1= <GENOTYPED>)) 
    {
        my @geno_group_infos = split(m/\t/,$l1); 
        next if ($l1 =~ m/^ECHANTILLON/); 
        chomp($l1);
        my $sample_nm = $geno_group_infos[0]; 
        my $sample_geno_group = $geno_group_infos[1]; 
        push @{ $hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"} },$sample_nm;
        foreach $sample_geno_group (keys (%hash_geno_group)){
            foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){
            print $sample_geno_group, "\t" ,  $sample_nm, "\n";
}
}
}


close(GENOTYPED);
exit;

我试图检查什么返回 $sample_nm 变量的打印,但它返回我作为一个错误

Can't use string ("genotype1") as a HASH ref while "strict refs" in use at Test.pl line 27, "GENOTYPED" line 2". 

谁能解释一下:

  • 为什么我确实有这种类型或错误;
  • 如何从第一列获取值。我需要进一步将它们存储到另一个变量中,以便将它们与相同的值进行比较,但来自另一个输入文件。谢谢 !
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换行

foreach $sample_nm (values %{$hash_geno_group{%{$sample_geno_group}{"sample"}}}){

foreach $sample_nm (@{$hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}}){

$sample_geno_group是 hash 的一个键%hash_geno_group,即。一个字符串(genotype1genotype2在您的示例中)。但是当你这样做时%{$sample_geno_group},你将它取消引用,就好像它是一个哈希引用,因此错误Can't use string as HASH ref ...

此外,values %{ xxx }应该用于检索xxx. 但是在您的情况下,xxx(ie. $hash_geno_group{$sample_geno_group}{"sample"}) 是对数组的引用,您在其中插入了push ...上面两行的元素。所以@{ xxx }应该用来检索它的元素(就像我在我建议的修复中所做的那样)。


另一个建议:使用声明的变量my而不是你的裸词GENOTYPED(例如,open my $genotype, '<', $list_geno or die "Can't open '<$list_geno': $!")。

于 2017-03-27T16:00:25.590 回答