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我有一个大型 VCF 文件，我想从中提取某些列和信息，并将其与变体位置匹配。我以为我有这个工作，但是对于某些变体而不是相应的变体位置，我被赋予了 ID？

我的代码如下所示：

# see what fields are in this vcf file
scanVcfHeader("file.vcf")

# define paramaters on how to filter the vcf file
AN.adj.param <- ScanVcfParam(info="AN_Adj")

# load ALL allele counts (AN) from vcf file 
raw.AN.adj. <- readVcf("file.vcf", "hg19", param=AN.adj.param)

# extract ALL allele counts (AN) and corressponding chr location with allele tags from vcf file - in dataframe/s4 class
sclass.AN.adj <- (info(raw.AN.adj.))

结果如下所示：

               AN_adj
1:13475_A/T    91
1:14321_G/A    73
rs12345        87
1:15372_A/G    60
1:16174_G/A    41
1:16174_T/C    62
1:16576_G/A    87
rs987654       56

我希望结果如下所示：

               AN_adj
1:13475_A/T    91
1:14321_G/A    73
1:14873_C/T    87
1:15372_A/G    60
1:16174_G/A    41
1:16174_T/C    62
1:16576_G/A    87
1:18654_A/T    56

关于这里发生了什么以及如何解决它的任何想法？

如果有一种方法可以使用 CHROM 和 position 字段附加变体位置，我也会很高兴，但我无法从这些字段的研究数据中请求它们，因为它们是用于创建变体位置的 GRange 的基本字段。

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