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我最近需要安装 R 3.2 才能从 Bioconductor 获得一个包，但安装后，我收到以下错误：

[16:16:11 20] $ r
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib
  Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5

果然，brew设置为使用gcc 5，所以我告诉brew使用4.9版本

brew switch gcc 4.9

这让 R 运行，但随后 R 会在包安装过程中失败（特别是当我运行biocLite('DESeq2').

从那以后，我尝试了很多事情，包括尝试安装 gcc 4.8（但我似乎无法让 R 使用它，即使是通过~/.R/Makevars）。即使没有安装 4.9，R 也坚持调用如上所示的路径。

R 的 Windows 版本似乎说 4.9 不适用于 3.2：

R-devel 暂时使用了一个基于 4.9.2 gcc 的新工具链，由 Duncan Murdoch 使用承包商编写的构建脚本组装而成。但是，与现有代码有太多不兼容的地方，这个工具链不会用于 R 3.2.0。有关构建和测试新工具链的详细信息，请参阅注释。

任何帮助将不胜感激！

编辑：我尝试按照@lmw. 的建议从源代码安装，但它失败了：

[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source
==> Installing r from homebrew/homebrew-science
==> Installing r dependency: gcc
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds
Trying a mirror...
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file gcc/jit/Make-lang.in
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin14.3.0 --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0 --libdir=/usr/local/Cellar/gc
==> make bootstrap
==> make install
==> Caveats
GCC has been built with multilib support. Notably, OpenMP may not work:
  https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=60670
If you need OpenMP support you may want to
  brew reinstall gcc --without-multilib
==> Summary
  /usr/local/Cellar/gcc/5.1.0: 1351 files, 248M, built in 32.5 minutes
==> Installing r
==> Using Homebrew-provided fortran compiler.
This may be changed by setting the FC environment variable.
==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz
######################################################################## 100.0%
==> Patching
patching file src/modules/lapack/vecLibg95c.c
==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 --with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext --enable-memory-pro
==> make
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (survival)
make[1]: *** [recommended-packages] Error 2
make: *** [stamp-recommended] Error 2

READ THIS: https://git.io/brew-troubleshooting
If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew):
  https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues

编辑 2：只是为了好玩，我尝试在r没有该--build-from-source选项的情况下进行安装，并且成功了。请参阅下面的解决方案。（我认为从源代码构建可能已经解决了gcc 5升级的问题，这让事情变得正常。我不打算尝试它（事情终于又开始工作了......为什么要搞砸它？），但我想知道我是否可以删除我设置的变量~/.R/Makevars（再次参见下面的解决方案）。

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3 回答 3

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从源代码重建 R 为我解决了同样的问题。

brew reinstall r --build-from-source

于 2015-05-22T04:35:20.977 回答
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这个提交解决了这个问题，为 R 提供了新的瓶子。确保你brew update和brew upgrade r.

于 2015-05-22T20:27:29.950 回答
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这不是一个完整的修复（它使用较旧的 gcc 版本），但它让我再次运行：

  1. brew tap homebrew/homebrew-versions
  2. brew install gcc48
  3. brew install r
    • 注意：我跑了brew install r --build-from-source（重新安装不起作用），它重建了一些东西，但不是 r（它失败了）。它可能对这项工作负有部分责任。如果是，请告诉我！如果他的回答是这个工作的原因，我想给@lmw 信用。

  4. 编辑~/.R/Makevars并添加以下行（根据需要编辑路径）：

    CC=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/gcc-4.8
CXX=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/g++-4.8
CFLAGS=-std=c99

  5. 运行r。

  6. （如果您要安装生物导体）

    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
于 2015-05-22T17:58:39.463 回答