traminer - TraMineR：seqici 为相同的序列提供不同的结果

Question

我想知道 seqici() 是否取决于上下文？我有一个序列，我计算复杂度 seqici(mySeq)。我在一组序列中有相同的序列，我计算复杂度并具有不同的值。有人可以帮助知道会发生什么吗？

谢谢，

Answer 1

我想我明白了。是的，复杂性取决于“上下文”。当您将所有序列放在一起时， seqici() 使用“通用”字母表来计算复杂度。因此，如果序列中没有字母表的元素，那么当单独计算与在序列集中计算时，该序列的复杂性将会发生变化。如图所示，

d1 <- data.frame(s1 = c("A", "B", "A", "C", "B", "A"))
d2 <- data.frame(s2= c("A", "C", "B", "B", "D"))
d1 <- zoo(d1)
d2 <- zoo(d2)
nm <- list("d1", "d2")

d <- zoo()
for(i in 1:length(nm)) 
  d <- merge(d, get(nm[[i]]))

d <- t(d)
seq <- seqdef(d)
seqici(seq)

//s1 0.8541510
//s2 0.8489541

d1 <- t(d1)
d2 <- t(d2)
seq1 <- seqdef(d1)
seq2 <- seqdef(d2)
seqici(seq1)
//s1 0.9594894
seqici(seq2)
//s2 0.8489541

结果的差异是因为“D”在 d2 中而不在 d1 中。

希望这可以帮助其他人:-)

Answer 2

Gabadinho 的复杂性指数取决于序列的整体可能状态（字母表）。这是根据定义。这是一个基于您自己的示例：

myseq <- t(data.frame(s1 = c("A", "B", "A", "C", "B", "A")))

seq1a <- seqdef(myseq, alphabet = c("A","B","C"))
seqici(seq1a) # 0.9594894

seq1b <- seqdef(myseq, alphabet = c("A","B","C","D"))
seqici(seq1b) # 0.854151

如果您在创建序列数据时未指定字母表，TraMineR 将使用您数据中存在的不同状态进行设置。因此，根据您输入的数据，字母表可能会有所不同，然后您可能会根据字母表获得不同的度量结果。

为避免混淆，始终明确定义嵌入序列的字母表是一个很好的规则。