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我正在尝试获取一组数据并用另一组数据减去该数据中的每个值。

例如：

Data set one (1, 2, 3)
Data set two (1, 2, 3, 4, 5)

(1 - (1 .. 5))所以我应该得到类似的东西(2 - (1..5))等等。

我目前有：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $inputfile = $ARGV[0];

open( INPUTFILE, "<", $inputfile ) or die $!;

my @array = <INPUTFILE>;

my $protein = 'PROT';
my $chain   = 'P';
my $protein_coords;

for ( my $line = 0; $line <= $#array; ++$line ) {
    if ( $array[$line] =~ m/\s+$protein\s+/ ) {
        chomp $array[$line];
        my @splitline = ( split /\s+/, $array[$line] );
        my %coordinates = (
            x => $splitline[5],
            y => $splitline[6],
            z => $splitline[7],
        );
        push @{ $protein_coords->[0] }, \%coordinates;
    }
}

print "$protein_coords->[0]->[0]->{'z'} \n";

my $lipid1 = 'MEM1';
my $lipid2 = 'MEM2';
my $lipid_coords;

for ( my $line = 0; $line <= $#array; ++$line ) {
    if ( $array[$line] =~ m/\s+$lipid1\s+/ || $array[$line] =~ m/\s+$lipid2\s+/ ) {
        chomp $array[$line];
        my @splitline = ( split /\s+/, $array[$line] );
        my %coordinates = (
            x => $splitline[5],
            y => $splitline[6],
            z => $splitline[7],
        );
        push @{ $lipid_coords->[1] }, \%coordinates;
    }
}

print "$lipid_coords->[1]->[0]->{'z'} \n";

我试图将每个值$protein_coords->[0]->[$ticker]->{'z'}减去$lipid_coords->[1]->[$ticker]->{'z'}.

我的总体目标是(z2-z1)^2在方程式中找到d = sqrt((x2-x1)^2+(y2-y1)^2-(z2-z1)^2)。我认为如果我能做到这一点，那么我也可以为 X 和 Y 做到这一点。从技术上讲，我试图找到 PDB 文件中每个原子与同一 PDB 中每个脂质原子之间的距离，并打印距离小于 5A 的 ResID。

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3 回答 3

3

要迭代两个数组的所有组合，只需嵌入两个 for 循环：

use strict;
use warnings;

my @dataone = (1, 2, 3);
my @datatwo = (1, 2, 3, 4, 5);

for my $one (@dataone) {
    for my $two (@datatwo) {
        print "$one - $two\n";
    }
}

输出：

1 - 1
1 - 2
1 - 3
1 - 4
1 - 5
2 - 1
2 - 2
2 - 3
2 - 4
2 - 5
3 - 1
3 - 2
3 - 3
3 - 4
3 - 5
于 2014-10-02T19:38:57.287 回答
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这将为您提供从集合 1 的每个元素中减去集合 2 的每个元素的结果，我相信这就是您所要求的方式。

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my @set1 = (1, 2, 3);
my @set2 = (1, 2, 3, 4, 5);

my @set3 = ();
for my $val (@set1) {
    push @set3, map { $val - $_ } @set2;
}

local $" = ', ';
print "@set3\n";

system 'pause';

结果将是一个包含 (1 - (1..5), 2 - (1..5), 3 - (1..5)) 的数组。

脚本运行后@set3 的内容：

0, -1, -2, -3, -4, 1, 0, -1, -2, -3, 2, 1, 0, -1, -2

所有其他蛋白质和脂质的东西都超出了我的想象，但我希望这至少有一点帮助。您现在应该有一个包含减去元素的数组，您可以使用它来获得其余的结果！

编辑：

可以用这个衬里替换循环:)

my @set3 = map { my $v = $_; map { $v - $_ } @set2 } @set1;

地图是一个非常漂亮的功能！

于 2014-10-02T19:53:40.300 回答
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最简单的方法是在浏览文件 2 时进行计算：

for (my $line = 0; $line <= $#array; ++$line) {
    if (($array[$line] =~ m/\s+$lipid1\s+/) | ($array[$line] =~ m/\s+$lipid2\s+/)) {  
        chomp $array[$line];
        my @splitline = (split /\s+/, $array[$line]);
        my %coordinates = (x => $splitline[5],
                           y => $splitline[6],
                           z => $splitline[7],
                          );
        push @{$lipid_coords->[1]}, \%coordinates;

        # go through each of the sets of protein coors in your array...
        for my $p (@{$protein_coords->[0]}) {
            # you can store this value however you want...
            my $difference = $protein_coords->[0][$p]{z} - $coordinates{z};
        }
    }
}

如果我是你，我会使用某种形式的唯一标识符来允许我访问每个组合上的数据——例如构建表单的散列$difference->{<protein_id>}{<lipid_id>} = <difference>。

于 2014-10-02T19:44:25.167 回答