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我正在分析R. 在考虑系统发育效应时，我想测试表达的差异。我可以使用负二项式分布和归一化因子作为偏移量运行 GLM：

library(MASS)
glm.nb(expression ~ Group + offset(log(normFactor)), data=data)

但是，我不知道如何在这个模型中包含系统发育效应。我可以从我的系统发育中获得方差-协方差或相关矩阵：

library(ape)
tree <- read.tree("tree.nwk")    
varCovMatrix <- vcv(tree, model = "Brownian", cor = FALSE)

我发现 lmekin 允许指定随机效应的方差-协方差结构：

library(coxme)
lmekin(expression ~ Group + (1| animal) + offset(log(normFactor)), data=data, varlist= varCovMatrix)

但我不能指定负二项分布，也不清楚它是否理解偏移量。同样的问题是针对MCMCglmm.

请帮我放入一个 GLMM：

  • 方差-协方差矩阵
  • 归一化因子作为偏移量
  • 负二项分布
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