r - 如何在猿包中的系统发育树中包含引导值

Question

我正在使用 R 包ape来分析存储在 DNAbin 对象中的一些序列：

library(ape)
my.seq  <- read.dna("sequences.txt", format = "clustal")
my.dist <- dist.dna(my.seq)
my.tree <- nj(my.dist)

我想找到引导值，所以我使用 boot.phylo：

boot <- boot.phylo(my.tree, my.seq, FUN = function(xx) nj(dist.dna(xx)), B = 100)

但我收到一条错误消息：

Error in if (drop[j]) next : missing value where TRUE/FALSE needed

知道这意味着什么，以及如何解决吗？我尝试用谷歌搜索错误消息，但找不到任何东西。

Answer 1

您的if情况导致NA.

它必须有一个TRUE或FALSE结果。