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我在一个文件中有以下脚本（称之为“temp.R”）：

library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)

当我运行时，Rscript temp.R我得到了一些结果：

$par
    birth     death 
0.5289875 0.0000000 

$SS
[1] 9.21573

$convergence
[1] 0

$iterations
[1] 6

$evaluations
function gradient 
       8       16 

$message
[1] "relative convergence (4)"

但是，当我运行 R 然后执行以下操作时：

source('temp.R')

我收到以下错误：

Error in integrate(Pi, 0, Tmax) : non-finite function value

有谁知道为什么Rscript和之间存在差异source，一个有效而另一个失败？如果有帮助，这是version在 R 中运行的输出：

               _                           
platform       x86_64-apple-darwin10.8.0   
arch           x86_64                      
os             darwin10.8.0                
system         x86_64, darwin10.8.0        
status                                     
major          3                           
minor          0.1                         
year           2013                        
month          05                          
day            16                          
svn rev        62743                       
language       R                           
version.string R version 3.0.1 (2013-05-16)
nickname       Good Sport

更新：当我Rscript temp.R多次运行时，有时会收到与运行时类似的错误消息source：

Error in integrate(Pi, 0, Tmax) : non-finite function value
Calls: bd.time ... objective -> CDF.birth.death -> .CDF.birth.death2 -> integrate
Execution halted
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1 回答 1

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这与 Rscript 之间的区别无关，source()只是您使用的函数依赖于随机过程，并且取决于它是否有效的起点。我没有仔细研究您要具体实现的目标，但是您可能需要更改用于该bd.time函数的值。

## works
set.seed(123)
library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)

## doesn't work
set.seed(12345)
library(ape)
tree <- rbdtree(0.5, 0.05, 5)
bd.time(tree, 0, 0)
于 2014-05-02T16:59:29.027 回答