3

假设我有一个名为的项目目录testknit（我确实有，请参阅github了解 MRE），其中我有几个子目录，包括scripts我保存的位置.R和.rmd文件。

在 RStudio 中，我创建了一个项目并选择了这个testknit目录，这样当我打开项目时，工作目录是mypath/testknit.

在里面testknit/scripts我有一个master.R文件。如果我想获取一个名为 的文件testsource1.R，该文件也位于 中testknit/scripts，我可以source("scripts/testsource1.R")从内部运行master.R。

library(knitr)
getwd()
# [1] "mypath/testknit"
source("scripts/testsource1.R")

到目前为止，一切都很好。

但是假设我还想编织一个.rmd名为的文件，该文件test.rmd位于testknit/scripts. 我可以knit("scripts/test.rmd")从master.R.

我的test.rmd文件执行以下操作：

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

```{r option1}
  source("scripts/testsource2.R")
```

```{r option2}
  source("testsource2.R")
```

由于test.rmd存在于 中testknit/scripts，因此我在第一个块中指定opts_knit$set(root.dir='../')，因此 knitr 知道我的根目录实际上是上一层。

当我test.rmd在 RStudio 中打开并单击knit HTML时，可以预见的是，该option1块有效，而该option2块不起作用。

但是当我尝试通过从文件中test.rmd运行而不是从文件中编织来编织时，这两个块选项都不起作用。两者都返回一个错误，即没有该名称的文件。knit("scripts/test.rmd")master.R.rmd

我究竟做错了什么？为什么从 mastertestsource2.R编织文件时R 找不到？.rmd.R

有关可重现的示例，请参见上面的 github 链接。

更新：

正如我在下面的评论中指出的那样，我尝试wd <- getwd()在之前添加opts_knit$set并更改(root.dir='../')为(root.dir=wd). 因此，当我从 运行knit("scripts/test.rmd")时master.R，option2 块运行，因为wd我添加的设置为mypath/testknit/scripts. 但是如果我打开.rmd文件并运行所有块，wd设置为根目录，mypath/testknit并且 option1 块运行。

我需要工作目录来保持项目根目录。这对我来说似乎不是一个优雅的解决方案，但正在改变：

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

至

```{r setup}
  library(knitr)
  wd <- ifelse(basename(getwd())=="scripts", 
               gsub("/scripts", "", getwd()),
               getwd())
  opts_knit$set(root.dir=wd)
```

让我在.rmd文件中或knit("scripts/test.rmd")从master.R. 它有效，但感觉就像我采取了错误的方法。

4

1 回答 1

3

@Yihui：也许您可以../使用normalizePath('../'). 相对工作目录可能会令人困惑（至少在我阅读了太多级别的相对路径后我的头疼:)。顺便说一句，当您在 RStudio 中编写 HTML 时，RStudio 首先将工作目录更改为输入 Rmd 文件。

我可以！using 仅opts_knit$set(root.dir=normalizePath('../'))适用于.rmd从 编织文件master.R和编织到 html 或从.rmd. 我更新了github 示例。test-b.rmd现在显示了这一点。谢谢！

于 2013-12-05T20:58:59.133 回答