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我一直在使用旧版本的 lme4 运行线性混合模型。现在我已经更新了 lme4 我收到以下错误：

错误 en [[<-.data.frame( *tmp*, i, value = integer(0)) ：替换有 0 行，数据有 4211

我在这个网站上找到了一个答案，建议将所有分组变量放在 data 参数指定的数据框中。我已经这样做了，但我的代码仍然不起作用。

这里是：

msdgtot=glmer(sdg.dens ~ ngbr.trees + (1 + ngbr.trees | factor(species)), data=d.sdg.ngb,family=poisson)

错误 en [[<-.data.frame( *tmp*, i, value = integer(0)) ：替换有 0 行，数据有 4211

知道为什么会这样吗？非常感谢！娜塔莉亚·诺登

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这确实是一个尚未修复的错误lme4：https ://github.com/lme4/lme4/issues/156 。但是，解决方法很简单：只需在数据框中进行转换，as.factor()而as.numeric()不是在公式中，例如

d.sdg.ngb = transform(d.sdg.ngb,species=factor(species))
msdgtot = glmer(sdg.dens ~ ngbr.trees + (1 + ngbr.trees | species),
    data=d.sdg.ngb,family=poisson)

一般来说，我认为这甚至没有必要——至少最近版本的glmer自动将分组变量转换为species因子——但我很感激想要小心/明确。如果出于某种原因我不想将分组变量永久转换为因子，我通常会制作变量的因子版本，例如

d.sdg.ngb = transform(d.sdg.ngb,fspecies=factor(species))

然后使用fspecies而不是species在公式中。

对于它的价值，这在以前发布的版本中也是一个问题lme4：with lme4.0（向后兼容的版本），

gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
  data=cbpp,family=binomial)

工作正常，但

gm1 <- glmer(cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | factor(herd)),
data=cbpp,family=binomial)

给出Error in factor(herd) : object 'herd' not found（诚然，一个不那么神秘的错误消息，但仍然是一个错误）。

于 2013-12-03T14:16:13.950 回答