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我想创建一个新函数，neighbor_trial(atomlist,trialatom)它将运行O(n)而不是neighbor(atomlist)（O(n^2)时间）。我可以通过仅更新上一次运行的结果来实现这一点neighbor(atomlist)。trialatom是一个被移动的原子，所有其他原子atomlist都没有被移动。

背景：

atomlist是 Atom 类的实例列表。Atom 对象具有atom1.is_neighbor(atom2)检查是否atom2是 的最近邻居的函数atom1。如果是，atom2则添加到atom1.nrst列表中。一个原子最多只能有 12 个唯一的最近邻居，并且不能包含它自己。

问题：

neighbor正确更新每个人atom的nrst列表，但速度很慢（必须重新运行多次）。但是，neighbor_trial不能正确更新。必须检查每个atom' 的nrst邻居以查看trialatom现在是否是邻居，并重新创建列表被擦除nrst的atom' 的列表。nrst

def neighbor(atomlist): 
    cdef int i, j
    for atom in atomlist:  
        atom.nrst=[]   #Unnecessarily deletes every atom's nrst! 
    for i in range(len(atomlist)):
        for j in range(i+1,len(atomlist)):
            if atomlist[i].is_neighbour(atomlist[j]):
                atomlist[i].nrst.append(atomlist[j])
                atomlist[j].nrst.append(atomlist[i])

def neighbor_trial(atomlist,trialatom):
    cdef int i, j
    redoo_list=[]
    for atom in trialatom.nrst:
        atom.nrst=[]            #Only trialatom and its neighbours' nrst list are wiped!
        redoo_list.append(atom)
    trialatom.nrst = []
    redoo_list.append(trialatom)
    for i in range(len(atomlist)):
        for j in range(len(redoo_list)):
            if atomlist[i] != redoo_list[j]:
                if atomlist[i].is_neighbour(redoo_list[j]):
                    redoo_list[j].nrst.append(atomlist[i])
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