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我正在尝试在单节点 Hadoop 集群中使用 rmr2 运行一个简单的 MR 程序。这是设置的环境

Ubuntu 12.04 (32 bit)
R (Ubuntu 自带 2.14.1，所以更新到 3.0.2)从这里
安装了最新的 rmr2 和 rhdfs以及对应的依赖 Hadoop 1.2.1

现在我正在尝试运行一个简单的 MR 程序

Sys.setenv(HADOOP_HOME="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1")
Sys.setenv(HADOOP_CMD="/home/training/Installations/hadoop-1.2.1/bin/hadoop")

library(rmr2)  
library(rhdfs)

ints = to.dfs(1:100)  
calc = mapreduce(input = ints, map = function(k, v) cbind(v, 2*v))
from.dfs(calc)

mapreduce 作业失败并在hadoop-1.2.1/logs/userlogs/job_201310091055_0001/attempt_201310091055_0001_m_000000_0/stderr中显示以下错误消息

Error in library(functional) : there is no package called ‘functional’  
Execution halted  
java.lang.RuntimeException: PipeMapRed.waitOutputThreads(): subprocess failed with code 1  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.waitOutputThreads(PipeMapRed.java:362)  
        at org.apache.hadoop.streaming.PipeMapRed.mapRedFinished(PipeMapRed.java:576)

但是，sessionInfo()显示功能包已加载

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)

>locale:
 [1] LC_CTYPE=en_IN       LC_NUMERIC=C         LC_TIME=en_IN       
 [4] LC_COLLATE=en_IN     LC_MONETARY=en_IN    LC_MESSAGES=en_IN   
 [7] LC_PAPER=en_IN       LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C        
[10] LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=en_IN LC_IDENTIFICATION=C 

>attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

>other attached packages:
 [1] rhdfs_1.0.6    rJava_0.9-4    rmr2_2.3.0     reshape2_1.2.2 plyr_1.8      
 [6] stringr_0.6.2  **functional_0.4** digest_0.6.3   bitops_1.0-6   RJSONIO_1.0-3 
[11] Rcpp_0.10.5

更新：我能够在不使用此处提到的 rmr2 和 rhdfs 库的情况下运行从 STDIO 读取和写入的 R MR 作业。所以，现在我的猜测是问题被隔离到 rmr2 和 rhdfs 包。

如何解决这个问题？

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2 回答 2

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在系统目录而不是自定义目录 (~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0) 中安装 rmr2/rhdfs 的依赖项。这可以通过将 R 作为 sudo 运行，然后安装依赖项来完成。感谢Antonio在 RHadoop 论坛中提供的帮助。

于 2013-10-14T08:34:33.810 回答
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这类问题最常见的解决方案是重新安装，因为在 sesssionInfo() 你得到

**functional_0.4**

当我做 sessionInfo() 我得到了

functional_0.4

我想您可能会缺少一些缺少的依赖项，因此请从您的 R 控制台使用

install.packages("functional",dependencies="TRUE")

解决由于任何其他软件包引起的任何问题。

PS：从可用镜像中选择 cloud-0 镜像。

如果仍然没有帮助，我建议您使用 r-base-dev 作为您的 R 版本，尽管我没有理由使用http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README来证明这一点

sudo apt-get install r-base-dev

谢谢

于 2013-10-12T06:21:49.410 回答