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我有 1000 帧的 tiff 图像堆栈,我试图在其中跟踪在布朗运动中扩散的粒子。所以我使用 trackpy 进行粒子跟踪:导入 tiff 堆栈,定位特征(粒子),然后绘制它们的轨迹。我正在使用以下代码(来自 trackpy 演练页面):

import pims
import trackpy as tp 
frames = pims.open("image.tif")
f = tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

但是最后一行(tp.locate)给出了回溯:

AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-78-0fbce96715a7> in <module>
----> 1 f = tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

~\anaconda3\lib\site-packages\slicerator\__init__.py in __getitem__(self, i)
    186                 indices, new_length = key_to_indices(i, len(self))
    187                 if new_length is None:
--> 188                     return self._get(indices)
    189                 else:
    190                     return cls(self, indices, new_length, propagate_attrs)

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\base_frames.py in __getitem__(self, key)
     96         """__getitem__ is handled by Slicerator. In all pims readers, the data
     97         returning function is get_frame."""
---> 98         return self.get_frame(key)
     99 
    100     def __iter__(self):

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\tiff_stack.py in get_frame(self, j)
    119         t = self._tiff[j]
    120         data = t.asarray()
--> 121         return Frame(data, frame_no=j, metadata=self._read_metadata(t))
    122 
    123     def _read_metadata(self, tiff):

~\anaconda3\lib\site-packages\pims\tiff_stack.py in _read_metadata(self, tiff)
    124         """Read metadata for current frame and return as dict"""
    125         # tags are only stored as a TiffTags object on the parent TiffPage now
--> 126         tags = tiff.keyframe.tags
    127         md = {}
    128         for name in ('ImageDescription', 'image_description'):

~\anaconda3\lib\site-packages\skimage\external\tifffile\tifffile.py in __getattr__(self, name)
   2752             setattr(self, name, value)
   2753             return value
-> 2754         raise AttributeError(name)
   2755 
   2756     def __str__(self):

AttributeError: keyframe

我哪里错了?我也尝试过使用

imageio.imread("image.tif")

导入图像然后使用

f=tp.locate(frames[0], 9, invert=False)

来定位粒子。但是它的输出应该是 x 和 y 坐标的数据,就像这样

在此处输入图像描述

而我得到的只是x轴:

在此处输入图像描述

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1 回答 1

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我刚刚遇到了同样的问题,并通过在我的 anaconda 提示符中输入“conda install pims”来解决它。我以前做过“pip install pims”,我认为这搞砸了。

于 2021-04-12T20:49:11.267 回答