我正在尝试将 GOslim 本体放入 Cytoscape 上的 ClueGO 以分析我的数据。我找到了可以在哪里导入本体和带有本体的数据库（http://geneontology.org/docs/download-ontology/）；但是，无法下载 OBO 文件（Cytoscape 需要的文件）。有没有不同的方法可以让本体进入 Cytoscape？还是从不同的数据库下载本体？
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ClueGo 本身包含最新的、更新的和手动注释的公共数据库，您可以将其作为选项进行检查（带有更新链接的复选框）。可以通过线索Go 查询的著名公共数据库有 Gene Ontology（GO - 包含诸如生物过程、细胞位置和分子模块等子组）、Reactome（用于分子、免疫途径和化学过程）、KEGG 和 WikiPathways。所有这些都将为您提供与 DAVID 和 GoSlim 相同的优势。
ClueGo 和团队提供的另一个补充是相互作用的结合伙伴（或 PPI）被可视化为分子/免疫途径中的子图。这是一个名为线索百科的附加插件，如果可能的话，你应该检查一下！
最好的，
阿克斯
于 2020-09-23T14:57:53.403 回答