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我在 MacOS 10.15.4 的 conda 环境中安装 R 包时遇到问题。R 中的命令install.packages()会导致以下类型的错误(我没有粘贴完整的日志):

ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
clang-4.0: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘xml2’
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/private/var/folders/k6/p2cdz1dx32g3p4hmwghns3fc0000gn/T/RtmpdPz2VA/R.INSTALL4817a82715f/uuid':
configure: error: C compiler cannot create executables

我在 x86_64-apple-darwin13.4.0 平台上使用 r 版本 3.6.1 的 clang 版本是:

clang 版本 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)

目标:x86_64-apple-darwin19.4.0

线程模型:posix

安装目录:/opt/anaconda3/envs/r_omics/bin

所以我认为我的计算机上的 C 编译器处理 R 包安装的方式存在问题/冲突,但我不知道如何解决这个问题。不知何故,我设法安装了一些软件包,conda install但我无法通过它来恢复我需要的环境。

非常感谢您的帮助

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