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我有一个包含多个因素的数据集，目前我正在将其中两个与箱线图进行比较。

我已经下载ggpubr并正在使用stat_compare_means()添加 p 值。

但是，我希望所有 4 次比较都有 p 值。这只给了我2。

我浏览了在线示例，我可以看到如何使用自己进行比较，my_comparisons <- list( c("0.5", "1"), c("1", "2"), c("0.5", "2") ) 但这是针对同一因素的不同水平。

因此，例如，对于牙齿生长示例，我希望 p 值OJ/D1与OJ/D0.5.

这是我的代码：

OTU<-colnames(df)[j]
ggplot(subset(df,variable==OTU),
   aes(x=Fungi,y=abund,fill=Insect))+geom_boxplot()+
stat_compare_means()+
 ggtitle(paste(OTU,location,sep="_”))

这是我的数据：

> df[1:5,1:5]
      Location Bean Fungi Insect Acaulospora
R-B1       Root Bean    NF     NI           0
R-B2       Root Bean    NF     NI           0
R-B3       Root Bean    NF     NI           0
R-BF-1     Root Bean Fungi     NI           0
R-BF-2     Root Bean Fungi     NI           0

Fungi_Insect我想要vsNF_Insect以及Fungi_Insectvs.Fungi_NI等的 p 值。

任何帮助表示赞赏。

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